Este escudo fue diseñado en el año de 1970 a convocatoria del H. Ayuntamiento Constitucional, con el propósito de darle identidad a nuestro Municipio. El escudo se encuentra dividido en tres secciones: dos superiores y una inferior, la parte izquierda contiene el escudo de la ciudad de Oaxaca, representado con un león coronado en posición de ataque, circundado por ocho cruces de San Andrés, en un fondo de color azul; del lado superior derecho se observa un jeroglífico de la cultura zapoteca con fondo verde, representando al Distrito de Juchitán de las Flores; y en la parte inferior, una locomotora entre dos ramas de laurel, como símbolo de la actividad ferroviaria de nuestra ciudad, en un fondo de color amarillo.
